Evaluación comparativa de protocolos de extracción de ADN en tejidos vegetales y muestras de suelo rizosférico de Macleania rupestris (Joyapa)
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Date
2026-07-16
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Publisher
Universidad de Cuenca. Facultad de Ciencias Agropecuarias
Abstract
Macleania rupestris is a wild species that exhibits high productive potential and plays a fundamental role in the ecological functioning of ecosystems. Therefore, establishing a DNA extraction method that meets the required criteria in terms of yield and purity is an essential step for subsequent molecular studies. However, due to the limited genetic information available, there are no standardized and validated protocols for this species. In this study, the efficiency of eight DNA extraction protocols (four using liquid nitrogen and four without using liquid nitrogen) was compared across different plant tissues (leaf, stem, flower, fruit, fine root, thick root, and mixed root). DNA purity was evaluated through electrophoresis, while DNA quantity was determined by spectrophotometry. Additionally, the purity of the Masoomi protocol, which produced the best quantitative results, and the commercial PowerSoil kit was evaluated in rhizospheric soil samples. The best DNA extraction methods were the ones proposed by Masoomi, and by Fulton and Tanksley. These protocols showed the highest DNA concentration and purity values in most tissues, with leaves and roots presenting the best results. The methods evaluated for rhizospheric soil indicated that the Masoomi protocol showed higher DNA concentrations with lower purity whereas the PowerSoil kit presented lower concentrations, but higher purity.
Resumen
Macleania rupestris es una especie silvestre que muestra un alto potencial productivo y desempeña un papel fundamental en el funcionamiento ecológico de los ecosistemas. Por ende, el establecimiento de un método de extracción de ADN que satisfaga los criterios requeridos en términos de rendimiento y pureza, es un paso indispensable para posteriores estudios moleculares. Sin embargo, debido a la escasa información genética disponible, no existen protocolos estandarizados y probados para esta especie. En el presente estudio se comparó la eficiencia de ocho protocolos de extracción de ADN (cuatro con nitrógeno líquido y cuatro sin nitrógeno líquido), en diferentes tejidos vegetales (hoja, tallo, flor, fruto, raíz fina, raíz gruesa y mezcla de raíz). Se evaluó la pureza mediante electroforesis y cantidad de ADN obtenido mediante espectrofotometría. Adicionalmente, se evaluó la pureza del protocolo de Masoomi con el que se obtuvo los mejores resultados cuantitativos y el kit comercial de PowerSoil en muestras de suelo rizosférico. Los mejores métodos de extracción de ADN fueron: Masoomi; y, Fulton y Tanksley. Estos protocolos registraron los mayores valores de concentración de ADN y pureza en la mayoría de los tejidos, siendo la hoja y raíces los órganos que presentaron mejores resultados. Los métodos evaluados para suelo rizosférico mostraron que el protocolo de Masoomi presentó mayor concentración con menor pureza, mientras que el kit de PowerSoil evidenció una menor concentración, pero mayor pureza.
Keywords
Agronomía, Suelo rizosférico, Espectrofotometría, Electroforesis
Citation
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TAG; 639
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Grado Académico
Ingeniero Agrónomo